Broad研究所的著名学者张锋教授和他在Broad研究所,麻省理工学院(MIT)麦戈文脑科学研究所(McGovern Institute for Brain Research)的合作伙伴一起,公布了他们开发的新一代新冠病毒CRISPR检测技术的实验流程。今年2月,张锋教授和他的合作伙伴曾经开发出一项基于CRISPR的新冠病毒检测技术,不需要复杂的设备,三步检测仅需约1个小时,就能检查出新冠病毒RNA的存在。
这款最新的检测手段比2月份的检测技术更进一步,检测过程中不需要从患者样本中纯化RNA,并且将检测新冠病毒所需的化学反应步骤在一个试管中完成。研发团队将它命名为STOP(SHERLOCK Testing in One Pot)。在检验12个新冠病毒阳性和5个新冠病毒阴性样本的实验中,这一检测达到100%的特异性和97%的灵敏度。不过科学家们也强调,这一检测方法还没有获得FDA的批准,尚不能用于临床上对新冠病毒感染的诊断。
SHERLOCK的核心是一种叫做Cas13a的蛋白酶和与其结合的向导RNA。根据新冠病毒的RNA序列,研究人员们精心设计了能够靶向新冠病毒特异性序列的向导RNA。理论上讲,只要样本里有新冠病毒所对应的RNA,向导RNA就能对其进行精准的识别,并激活与其结合的Cas13a蛋白酶。Cas13a是一种很有趣的酶,一旦被激活,它就会不分青红皂白,切开所遇到的任何RNA分子。也正是利用这种特性,研究人员们在样本里还会添加一种通过RNA相连接的特殊分子。一旦Cas13a得到激活,这种特殊分子上的RNA就会被切断。这样一来,通过确认这些分子有没有被切断,我们就能知道最初的样本里有没有新冠病毒的存在。
后续的检测步骤与市场上的怀孕检测很相似,将反应后的样本滴在能够识别“完整分子”和“切断分子”的试纸上,如果样本里不存在新冠病毒,那么试纸标识“完整分子”的较低位置上,就会出现一条条带;相反,如果样本里真的有新冠病毒对应的RNA,那么在代表“切断分子”的较高位置上,会出现另一条条带。通过条带位置的不同,我们很容易就能确认新冠病毒的存在与否。
将等温扩增和Cas酶反应合二为一的STOPCovid检测
因此,张锋教授和他的合作伙伴致力于开发一种更为简便的检测手段,让扩增RNA数目的等温扩增步骤和Cas酶检测的化学反应能够在同一个试管中进行。为此,他们选择了环介导等温扩增技术(Loop-mediated Isothermal Amplification, LAMP)作为扩增RNA的方法。这一选择也有其实用方面的原因,因为LAMP所需的试剂并不难于获取。然而LAMP反应需要在温度为60℃的反应条件下进行,而Cas13a在这一温度下不够稳定。研究人员找到了名为AapCas12b的Cas酶,能够在LAMP反应条件下维持足够的活性,同时对指导RNA和反应中的添加剂进行了优化,让Cas酶介导的检测步骤维持足够的灵敏度。在实验条件下,这一检测的下限为100个新冠病毒RNA分子。研究人员同时简化了提取RNA的步骤,只需要在含有新冠病毒的咽拭子或唾液样本中加入裂解病毒,释放RNA的试剂,无需纯化分离RNA,就可以将释放的病毒RNA用于检测。
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